紫薇 ( Lagerstroemia indica ) 是一种深受人们喜爱的观赏植物，有着悠久的历史，原产于东南亚至大洋洲，在中国等栽培中心繁衍生息已有 1600 多年的历史。它以其独特的夏季盛开期而闻名，经过广泛的杂交进化，现已包括 200 多个品种。目前的研究通过转录组学和 QTL 作图，在了解植物结构、花、叶颜色和矮化性状的决定因素方面取得了长足的进步。然而，缺乏 L. indica 参考基因组严重限制了全面的基因组研究。这一差距阻碍了对关键性状背后分子机制的探索，并阻碍了植物进化、驯化和基因组育种的进步。

2023年7月，《园艺研究》 发表题为《基因组组装和重测序分析为紫薇的进化、驯化和观赏性状提供新见解》的研究文章。

在这项研究中，利用 PacBio 测序和 Hi-C 支架进行了紫薇 ( L. indica )的首次高质量基因组组装。基因组注释识别出 33,608 个基因和约 42.19% 的基因组为重复元件。对 17 个物种绘制的基因家族进行比较基因组分析，发现了 3,572 个L. indica特有的基因。进化分析揭示了L. indica最近的全基因组三倍体，系统发育树将L. indica 与L. spiosa 和P. granatum定位 在桃金娘目中。利用 SNP 对 73 个材料进行群体结构分析，揭示了现代紫薇品种的进化历史和育种。主成分分析和成对序列马尔可夫聚结显示物种间丰富的多态性，种群规模波动明显。连锁不平衡和 Tajima D 值的研究强调了品种品种遗传多样性的增加。使用L. fauriei 和L. indica 'Pocomoke' 的 F1 群体创建了L. indica的高密度遗传连锁图谱 。该图谱包含 5,660 个 SNP 标记，分为 24 个连锁组。植物性状的 QTL 分析确定了 33 个影响表型变异的区间，其中 LG1 的主效应区间显着影响节间长度。对于花的颜色，不同颜色的花的转录组测序鉴定出大量参与黄酮类途径的 DEG，这对花瓣颜色的测定至关重要。此外，批量分离分析将叶色位点映射到 chr12 和 chr17，并鉴定了五个与色素沉着相关的候选基因，包括MYB35、NCED 和KAS1的同源基因。

总之，本研究不仅阐明了桃金娘的基因组和进化史，还为其观赏性状的遗传基础提供了深入的见解，为桃金娘科的未来研究和分子育种奠定了基础。